A través de una tecnología revolucionaria que libera sus recuerdos genéticos, Callum Lynch (Michael Fassbender) experimenta las aventuras de su ancestro, Aguilar, en la España del siglo XV. Callum descubre que es un descendiente de la misteriosa sociedad secreta, los Assassins, y acumula conocimiento y habilidades impresionantes para enfrentarse a la opresiva y poderosa organización de los templarios del presente.